1993 yılında Türk Tarih Kurumu Başkanlığına getirilen Halaçoğlu, bu görevini 2008 yılına kadar sürdürdü.
Halen Gazi Üniversitesi’nde Strateji Araştırmalar Merkezi Müdürü olarak görev yapan Halaçoğlu, Ermeni iddiaları konusunda yaptığı araştırmalarla biliniyor. Prof. Dr. Halaçoğlu’nun Ermeni meselesiyle ilgili olarak “Ermeni Tehciri”, “Sürgünden Soykırıma Ermeni İddiaları”, “ Türk Tarihinde Ermeniler”, “Ermeni Tehciri ve Gerçekler”, “Ermeniler: Sürgün ve Göç” isimli kitapları bulunuyor.