Yalçın, avukatı Ali Altay aracılığı ile Sivas İdare Mahkemesi'ne yürütmenin durdurulması ve işlemin iptali istemiyle dava açtı. Sivas İdare Mahkemesi'nin 1 Temmuz 2008'de verdiği yürütmenin durdurulması yönündeki kararına rağmen Aydın Yalçın'ın Bayburt'taki ilişiği 28 Ağustos 2008'de kesildi.
Yalçın, Erzincan İl Milli Eğitim Müdürlüğü görevine 22 Eylül 2008 tarihinde dönebildi. Ardından da Bakanlık Müşaviri kadrosunda görevlendirildi.
Aydın Yalçın, yargı kararını geç uyguladığı ve etkisizleştirdiği iddiasıyla bu kez Ankara Asliye Hukuk Mahkemesi'nde 11 Mart 2009 tarihinde 25 bin liralık manevi tazminat davası açtı. Ankara 11'nci Asliye Hukuk Mahkemesi dün verdiği kararda, dönemin Milli Eğitim Bakanı Hüseyin Çelik, Müsteşar Muammer Yaşar Özgül, Pensonel Genel Müdürü Necmettin Yalçın ve yardımcısı Bekir Erdoğan'ın, 8 bin lira tazminatı davanın açıldığı tarihten itibaren faiziyle birlikte Aydın Yalçın'a ödemelerine hükmetti.
Anayasa ve İdari Yargılama Usul Kanununa göre idari yargı kararlarının en geç 30 gün içerisinde uygulanması gerektiğini belirten Aydın Yalçın'ın avukatı Ali Altay, parasal değerinden çok kararın önemli olduğunu bildirdi. Avukat Ali Altay, "Ülke gündeminin saat başı değiştiği ve ülke insanın moralinin alt üst olduğu bir ortamda mahkemenin kararını ümit verici gelişme olarak görüyoruz. Milli Eğitim'de gelenekselleşen yargı kararların uygulanmamasını diğer kurumlara da sirayet etmiş olmasını ise endişe verici buluyoruz" diye konuştu.
Aydın Yalçın'ın son olarak Kırklareli Milli Eğitim Müdürlüğü görevine atandığı, ancak yürütmenin durdurulması için dava açtığı belirtildi.